“基因组学的主要价值在于你可以迅速整合数据，寻找新出现的疫情，及早发现并应对。”阅读我们对冠状病毒大流行的全面报道支撑澳大利亚SARS-CoV-2基因组测序工作的是AusTrakka，这是一个全国性的在线平台，允许全国各地的公共卫生实验室跨州分享他们的测序数据。”这使我们能够利用这些基因组数据来真正应对公共卫生紧急情况，”多尔蒂研究所的生物信息学家、AusTrakka的联合负责人Anders Gonacalves Da Silva说。基因测序是如何进行的？分析SARS-CoV-2的序列就像侦探工作一样，使研究人员能够在全国范围内发现病毒基因构成的变化。当鼻子或喉咙的测试被送到公共卫生实验室时，所有COVID阳性的样本都会被进行基因测序。有关于COVID疫苗的问题？我们有答案对澳大利亚的疫苗推广感到困惑？我们已经找到了你一直在问的问题的答案。
阅读更多SARS-CoV-2基因组由近3万个被称为核苷酸的构件组成，每个构件被分配一个字母–A、T、C或G。在病毒水平较低的情况下，例如在感染的早期阶段，没有足够的遗传物质来进行测序。在维州，大约80%的病例会产生高质量的基因组序列。每晚，AusTrakka都会生成一个系统发育树–一个显示不同SARS-CoV-2基因序列之间关系的分支图。例如，如果一个病例出现在维州，而其序列与新州的病例相似，那么该病毒很可能越过了边界。”这有点像病原体的婚配，”Gonacalves Da Silva博士说。我们正在努力寻找可能表明存在流行病学联系的完美匹配，这种联系值得尽早追究，以便在爆发成为公共卫生困扰之前抓住它。”阅读更多关于COVID-19疫苗的信息：澳大利亚人对疫苗态度的 “担忧 “分歧追踪澳大利亚COVID疫苗的推出AusTrakka如何帮助揭示维州爆发的起源？当上周在墨尔本检测到Delta变体时，研究小组仔细研究了存储在数据库中的序列，试图在维州找到一个匹配的序列。”我们无法在全国任何地方找到一个可能解释这种疾病来源的匹配，”Howden教授说。(Supplied: Guy Cleeves)因此，AusTrakka的澳大利亚各地实验室网络同意将他们的低质量序列上传到数据库，以帮助寻找匹配。大约20,000个SARS-CoV-2序列已被上传到数据库，占澳大利亚所有COVID-19病例的50%以上。”豪登教授说：”在大约12个小时内，我们把全国各地的所有数据都放到了一个地方。”由于澳大利亚有八个司法管辖区，它们各自管理自己的公共卫生活动，因此各州之间共享序列并不像看起来那么简单。
阅读更多在一个屋檐下拥有全国SARS-CoV-2测序数据使其更容易早期发现爆发，导致更快的反应以减缓传播。这意味着研究人员能够快速获得明确的答案，允许他们早期改变他们的方法，如重新测试样本。 了解病例之间的遗传联系可以帮助当局决定最佳行动方案，如执行边境关闭或快速封锁。Howden教授说：”澳大利亚的基因组数据现在每天都在为决策提供信息。”Health in your inboxGet the latest health news and information from across the ABC.Your information is being handled in accordance with the ABC Privacy Collection Statement.Email addressSubscribe
